Écologie des Vibrio spp. en Manche-Mer du Nord : diversité et occurrence de souches potentiellement pathogènes pour l'homme et les animaux, et déterminisme des paramètres environnementaux sur l'abondance des Vibrio spp.

Plus de 130 especes de Vibrio, bacteries ubiquitaires des milieux marins et estuariens sont decrites, dont certaines sont des pathogenes d’organismes marins (poissons, coraux, coquillages, …). Douze especes sont pathogenes pour l’homme, parmi lesquelles V. cholerae, V. parahaemolyticus et V. vulnificus. Les cas d’infections humaines sont essentiellement lies a la consommation de produits de la mer crus ou a l’exposition de plaies cutanees a l’eau de mer. En France, ce risque est faible mais pourrait s’accentuer en raison de la consommation croissante de produits de la mer, de l'augmentation de la part des individus immunodeprimes dans la population, de l'impact des activites anthropiques et du rechauffement climatique sur le milieu marin. Une meilleure comprehension de l'ecologie de ces bacteries (distribution, abondance et diversite) est un pre-requis a la mise en place d’une surveillance environnementale de ce risque. L’etude menee au cours de ma these en zone Manche-Mer du Nord, dans le cadre du programme Vibrio Manche (2009-2012, partenariat EDFR&D/Ifremer/Institut Pasteur de Lille), avait pour objectif d'evaluer la diversite et la distribution spatio-temporelle cotiere des vibrions, dont des especes potentiellement pathogenes pour l’homme et les animaux, et leur relation avec les parametres environnementaux biologiques (phytoplancton et zooplancton) et physico-chimiques. La strategie de suivi a repose sur le denombrement et l’isolement de souches de Vibrio, a 22°C et 37°C sur milieu selectif, a partir d’eau de mer et de sediments superficiels collectes au cours de neuf campagnes d’echantillonnage et associes a la mesure de parametres environnementaux. Le developpement et la validation d’outils d’identification des souches environnementales par PCR en temps reel et le sequencage de marqueurs genetiques discriminants ont conduit a mettre en evidence une grande diversite d’especes parmi les isolats a 22°C, celle-ci etant composee principalement de pathogenes d’organismes marins dont l’espece V. splendidus. Les isolats a 37°C, marques par la predominance de deux especes, V. alginolyticus et V. harveyi, et la rarete des pathogenes humains detectes dans les conditions d’analyses retenues pour cette etude. Au terme de l’etude, nous avons mis en evidence la presence de 20 et 17 especes de vibrions respectivement a 22°C (deux campagnes) et 37°C (neuf campagnes) sur la zone etudiee, et l’influence probable de conditions environnementales contrastees sur la structure de ces populations. En termes d’abondance, les vibrions cultivables a 37°C ont montre une forte saisonnalite, et une relation significative a la temperature de l’eau et a l’abondance totale du zooplancton. La saisonnalite des vibrions cultivables a 22°C a ete moindre, et leur abondance a pu etre reliee de facon significative a la concentration en chlorophylle a totale et egalement a l’abondance totale en zooplancton. Ces elements de connaissance et la strategie d’identification developpee pourront, a terme, contribuer au developpement d’outils de surveillance microbiologique environnementale et ouvrent des perspectives pour mieux comprendre l’ecologie des vibrions et les facteurs structurant non seulement leur abondance, mais aussi leur diversite.