甘肃、青海和宁夏地区牛病毒性腹泻病毒 E rns 基因的变异分析

分析2013—2019年中国西北部分省区不同基因亚型牛病毒性腹泻病毒（BVDV）抗原基因Erns的分子特征，了解其遗传演化规律。从甘肃、青海、宁夏规模化牛场送检的疑似牛病毒性腹泻发病牛150份EDTA抗凝血提取总RNA，利用RT-PCR扩增病毒基因组Erns-E1区，克隆测序后比对，构建系统进化树进行遗传演化关系分析。利用牛肾细胞MDBK对检出的不同基因亚型BVDV进行分离，并鉴定其生物型。RT-PCR扩增结果表明，BVDV总体阳性率为37.33%，其中甘肃省、青海省、宁夏回族自治区BVDV阳性率分别为37.68%、35.71%、40.00%。获得56份Erns-E1 DNA，克隆测序获得33条不同的Erns序列，长度均为681 bp，分析表明流行株分属10个BVDV基因亚型：BVDV-1a（2株）、BVDV-1b（5株）、BVDV-1c（1株）、BVDV-1d（3株）、BVDV-1m（11株）、BVDV-1o（1株）、BVDV-1p（4株）、BVDV-1q（4株）、BVDV-1v（1株）、BVDV-2a（1株）。分离获得BVDV-1a亚型、BVDV-1b亚型、BVDV-1v亚型、BVDV-2a亚型分离株各1株，BVDV-1 d亚型分离株2株，均为非致细胞病变型。各亚型株间Erns基因核苷酸相似性以BVDV-1a~1d经典亚型株（79.8%~85.9%）或1m~1q及1v新亚型株（81.0%~87.3%）较高，以BVDV-1 m和BVDV-1p流行株亚型间相似性最高（87.3%）。各亚型株Erns基因编码蛋白的RNA酶活性位点以及双链RNA作用基序（139KKGK142）保守，但Erns第26位糖基化位点（26 NRSL）在1m~1q、1v亚型株移位（24 NVSR）。首次以Erns核苷酸序列构建系统进化树，结果显示1m~1q及1v等亚型BVDV株在进化上关系较为密切。本研究首次选用Erns靶标基因对甘肃、青海、宁夏部分省区牛源BVDV株进行同源性及系统进化分析，发现10个基因亚型流行株，以1m亚型株最为普遍，1m~1q及1v等亚型株亲缘关系密切。