환자-대조군 연구에서 인구집단 층화가 일배체형 경향성 검정에 미치는 영향

환자-대조군 연관성 연구에서 후보 유전자와 질병이 연관되어 있지 않더라도 인구집단 층화로 인해 가짜 연관성이 발생할 수도 있다. 본 연구에서는 일배체형에 기초한 환자-대조군 연관성 연구에서 인구집단 층화로 인한 가짜 연관성을 해결하기 위한 방법으로, Zaykin 등 (2002)이 제안한 일배체형 경향성 모형에 인구집단 층화에 대한 정보를 추가하고자 한다. Zaykin 등 (2002)의 모형과 제안한 모형에 기초한 일배체형의 유의성 검정에서 인구집단 층화와 인구집단에 대한 관측 오차가 제1종 오류율에 미치는 영향을 모의실험을 통해 살펴보았다. 인구집단이 층화되어 있지만 각 개체가 속한 인구집단을 정확히 알 수 있을 때, Zaykin 등 (2002)의 모형에 기초한 검정은 제1종 오류율을 잘 조절하지 못했지만 본 연구에서 제안한 모형에 기초한 검정은 제1종 오류율을 잘 조절하는 것으로 나타났다. 그러나 인구집단이 층화되어 있고 관측 오차가 존재하면 제안한 모형에 기초한 검정도 제1종 오류율을 조절하지 못하고 명목 유의수준보다 큰 값을 갖는 것으로 나타났다. 따라서 단일염기다형성에 기초한 환자-대조군 연관성 연구와 마찬가지로 일배체형에 기초한 환자-대조군 연관성 연구에서도 인구집단 층화에 대한 정보를 갖고 있다할지라도 그 속에 관측 오차가 존재하면 위양성을 피하기 어렵다는 것을 알 수 있었다. 【Population stratification can cause spurious associations between genetic markers and disease locus. In order to handle this population stratification in haplotype-based case-control association studies, we added population indicators as covariates to the haplotype trend regression model proposed by Zaykin et al. (2002). We investigated through simulations how both population stratification and measurement error in the estimation of true population of each individual affect type I error probabilities of the association tests based on both Zaykin et al.'s (2002) model and the proposed model. Based on those results, in the situation that there exists population stratification but there is no error in population classification of each individual, our proposed model does satisfy a type I error probability whereas Zaykin et al.'s (2002) model does not. However, as the measurement error increases, a type I error probability of our model correspondingly becomes larger than a nominal significance level. It implies that as long as uncertainty in the estimation of true population of each individual still remains, it is nearly impossible to avoid false positive in case-control association studies based on haplotypes.】