Formes recombinantes inter-groupes M et O du VIH-1 : Etude de leur potentiel réplicatif et de leur émergence in vitro/in vivo

Les VIH-1 sont caracterises par une forte diversite genetique et la recombinaison genetique constitue un facteur important de leur evolution. Malgre leur grande divergence genetique, les VIH-1 groupe M, pandemique, et groupe O, endemique au Cameroun, peuvent generer des formes recombinantes intergroupes MO. La description actuellement de 19 formes recombinantes VIH-1/MO (URF_MO), dont 10 au cours de ces dix dernieres annees, pose la question d’un eventuel avantage confere par la recombinaison et des modalites de leur emergence. Les objectifs de ce travail etaient donc d’etudier le potentiel replicatif ainsi que l’emergence in vitro et in vivo de formes recombinantes VIH-1/MO. Le potentiel replicatif a ete etudie sur la base d’un profil simple de recombinaison [Ogag/pol-Menv], avec un point de cassure dans Vpr, du fait de l’observation d’un point chaud de recombinaison dans cette region. Apres de multiples essais pour construire un clone moleculaire infectieux chimerique (CMIC) a partir de clones moleculaires infectieux parentaux de VIH-1/M sous-type B et de VIH-1/O sous-groupe T, un CMIC pVIH-1/OM a ete synthetise et a permis la generation de virus recombinants par transfection puis co-culture. Un stock a ete genere afin de comparer son potentiel replicatif par rapport a celui des souches parentales VIH-1/M et VIH-1/O. Deux marqueurs ont ete suivis dans les surnageants de culture : l’activite de la Transcriptase Inverse (TI) et la quantite d’Ag P24. Les resultats ont mis en evidence une superiorite de la souche parentale de groupe M par rapport a celle de groupe O pour les deux marqueurs. En revanche, pour la souche recombinante VIH-1/OM, les donnees d’activite de la TI ne se superposaient pas a celle de la quantite d’AgP24, suggerant un comportement hybride du recombinant, en termes d’activite enzymatique et de production d’AgP24. In vitro, les modalites d’emergence ont ete apprehendees par l’etude de la generation de points de cassure au sein des LTRs initialement differents du recombinant VIH-1/OM genere et dans lesquels un evenement de recombinaison devait avoir lieu pour les rendre identiques. La cinetique d’emergence et les profils de recombinaison ont ete analyses par la methode SGA, afin de caracteriser les quasi-especes ARN et ADN. Nos resultats ont mis en evidence une localisation preferentielle de la recombinaison dans la region R des LTRs, avec trois motifs majoritaires de recombinaison (506-513pb, 513-522pb et 523-547pb), dont le second predominait en fin de culture. Notre modele experimental a ete valide en comparant ces resultats aux donnees in vivo des URF_MO decrites. D’autres motifs de recombinaison ont ete observes in vivo, suggerant qu’il n’existe pas de motif et de mecanisme uniques de recombinaison. In vivo, nous avons eu l’opportunite de decrire un cas de recombinaison MO, revelant une double infection VIH-1/M+O non diagnostiquee, chez une patiente presentant des resultats de genotypage de resistance discordants par rapport a ses anteriorites VIH-1/M. Ce travail a permis de caracteriser la dynamique de replication des populations virales VIH-1/M et VIH-1/O avant recombinaison, puis celle du recombinant VIH1/MO. Le suivi immuno-virologique de la patiente a permis de dater l’emergence de cette forme recombinante, probablement favorisee par les dysobservances therapeutiques et la succession d’echecs virologiques. Ce cas souligne la difficulte de prise en charge de telles situations, et, en particulier, la necessite de traitements antiretroviraux actifs sur les trois populations virales. En conclusion, nos resultats apportent de nouveaux elements de comprehension du phenomene de recombinaison entre VIH et nous offrent de nombreuses perspectives de travail.