Étude phénotypique de souches de Stenotrophomonas maltophilia isolées de contextes cliniques et environnementaux. : Évaluation du lien entre les signatures métaboliques, de virulence et d'antibiorésistance

Dans le milieu clinique, Stenotrophomonas maltophilia est decrite comme bacterie pathogene opportuniste, responsable d'infections nosocomiales principalement chez des patients immunodeprimes ou presentant des pathologies severes ou chroniques. L'impressionnant bouclier de resistance aux antibiotiques observe chez les souches cliniques rend les traitements particulierement complexes pour les patients atteints. Les souches de S. maltophilia representent une reelle menace pour la sante humaine. De plus, les fortes potentialites d'adaptation des S. maltophilia leur permettent une dispersion dans un eventail tres large de biotopes cliniques mais aussi environnementaux. En effet, les S. maltophilia colonisent aussi abondamment les niches ecologiques environnementales telles que les sols rhizospheriques. Le niveau des connaissances sur ces souches environnementales est particulierement limite face a celui disponible du milieu medical. Les proprietes en tant que pathogene opportuniste de ces souches environnementales restent encore peu connues et controversees tant au niveau genetique que phenotypique. Afin de mieux evaluer le potentiel danger sanitaire que representent les souches environnementales face aux souches cliniques, il a ete envisage lors de ce projet de these d'evaluer des caracteristiques phenotypiques d'un groupe de souches de S. maltophilia provenant de contextes differemment en contact avec l'homme et l'environnement. Des souches de S. maltophilia fortement impactees par le contact de l'homme ont ete isolees de patients atteints de pathologies variables (mucoviscidose, infections nosocomiales, pathologies severes). Ce groupe de souches considerees comme les plus a risque pour l'homme, a ete compare a un groupe de souches de S. maltophilia environnementales provenant de contextes ayant pu favoriser des acquisitions/maintiens de resistances aux molecules antimicrobiennes tels que les sols rhizospheriques, les sols pollues aux metaux lourds ou encore les sols soumis aux activites repetees de l'homme. Tout d'abord, les signatures metaboliques (croissance, degradations de substrats) et les capacites de resistance a diverses molecules antibiotiques cliniques ont ete evaluees pour la collection de souches de S. maltophilia. Dans un deuxieme volet, ont ete etudiees les potentialites de virulence de ces souches telles que la mobilite, les secretions enzymatiques, la formation de biofilm et la virulence envers des amibes. Enfin, une analyse croisee statistique a mis en lien les differentes signatures obtenues a partir des donnees metaboliques, de resistance aux antibiotiques et de virulence en confrontant les origines des souches et les influences qu'elles ont subies vis-a-vis de l'homme. D'apres le jeu de donnees du projet, quatre signatures distinctes emergent entre les souches de S. maltophilia structurees par les effets dus la proximite de l'homme et a leur origine. Des souches environnementales potentiellement les plus impactees par les contacts avec l'homme possedent des caracteristiques similaires aux souches cliniques ; elles sont donc potentiellement aussi dangereuses que les souches cliniques