基于简化基因组测序的树莓(Rubus corchorifolius)遗传分析

为了比较不同树莓种间的亲缘关系远近，分析群体的遗传进化关系，开发特异性 SNP 标记。本试验选用 23 份栽培种树莓利用简化基因组测序技术 SLAF-seq 测序，以黑树莓 ( Rubus occidentalis ) 基因组为参考基因组进行酶切预测，对照选择粳稻 ( Oryza sativa spp. japonica ) 品种日本晴的测序数据进行比对分析。本研究共获得 59.93 Mb 的读长数据，读长范围在 1 960 847~5 046 748 之间，对照数据的双端比对效率为 95.60% ，酶切效率为 93.52% ，测序质量值 Q30 平均为 95.07% ，所有样品 GC 含量均值为 39.16% ，共获得 425 402 个 SLAF 标签，其中多态性的 SLAF 标签共有 121 610 个。获得 749 811 个有效单核苷酸多态性 (single nucleotidepolymorphisms, SNP) ，利用这些 SNP 对 23 份树莓材料完成系统进化树，群体的 PCA 分析，从群体结构分析结果发现这 23 份树莓都来源于同一祖先，只是在生长发育过程中发生了遗传分化。