Contribution au développement d'analyses moléculaires d'intérêt diagnostique ou pronostique dans le cancer colorectal

Les quatre travaux presentes dans cette these ont contribue au developpement d'analyses moleculaires d'interet diagnostique ou predictif de la reponse au traitement dans le cancer colorectal (CCR). Dans le premier travail, nous avons demontre grâce a une etude incluant 332 familles l'interet de la recherche par QMPSF (Quantitative Multiplex PCR of Short Fluorescent fragments) des rearrangements genomiques hererozygotes des genes MSH2 et HLHI dans le diagnostic du syndrome de Lynch, premiere cause de CCR hereditaire. Dans le second travail, dans le but de detecter indirectement les alterations des regions 5' et 3' des genes impliques dans le syndrome de Lynch, nous avons developpe une methode de mesure comparative de l'expression allelique du gene MLHl basee sur l'extension d'amorces (Single­nucleotide primer extension) et lecture par la DHPLC (Denaturing High Performance Liquid Chromatography) (SnuPE-DHPLC). Dans le troisieme travail, nous avons developpe 2 applications somatiques de la QMPSF pour le CCR sporadique, l'une explorant simultanement 8 regions d'interet pronostique potentiel ou "code barre pronostique" et l'autre, le "kinogramme", explorant 16 genes de kinases contre lesquelles l'industrie pharmaceutique a developpe des inhibiteurs. Ces QMPSF somatiques ont ete appliquees a l'etude de 57 patients avec un CCR. Dans le dernier travail, nous avons realise une etude sur 59 patients traites par l'anticorps monoclonal anti-EGFR (Epidermal Growth Factor Receptor) cetuximab et chimiotherapie dans le but d'evaluer le role predictif des mutations KRAS vis a vis de la reponse. La detection des mutations de KRAS a ete realisee dans un premier temps par PCR de l'exon 2 et sequencage. Dans un second temps, compte tenu de l'heterogeneite tumorale, nous avons developpe specifiquement pour l'etude 2 methodes plus sensibles que le sequencage direct : le SNaPshot et la PCR-LCR. Cette etude a permis de montrer qu'aucun des patients mutes KRAS n'avait repondu au traitement. Le travail a confirme que les mutations du gene KRAS sont des marqueurs de resistance au traitement par les anticorps anti-EGFR. Apres validation de ces resultats par de nombreuses etudes, l'obtention de l'Autorisation de Mise sur le Marche (AMM) des anticorps anti-EGFR utilises dans le CCR metastatique est desormais conditionnee par le genotypage de KRAS.