Encyklopedie subsetů CLL: Unikátní bioinformatický nástroj a databáze pro analýzu subsetů stereotypních B buněčných receptorů u chronické lymfocytární leukémie

Východiska: Chronicka lymfocytarni leukemie (CLL) se vyznacuje vysokou klinickou i biologickou variabilitou. Ta je uzce spjata s řadou buněcných a molekularnich znaků, mezi něž patři sekvencni motivy B buněcných receptorů (BcR). Tyto motivy se u třetiny pacientů s CLL vyskytuji v teměř identicke (stereotypni) podobě, což je umožňuje zařadit do homogennich skupin, tzv. stereotypnich subsetů CLL. Homogenita stereotypnich subsetů neni urcena pouze sekvencnimi motivy BcR, ale odraži se i v klinicko-biologických charakteristikach onemocněni. Pro zjednoduseni přistupu k informacim o jednotlivých subsetech byl vytvořen veřejně dostupný webový nastroj „Encyclopedia  of CLL Subsets“. Metody: Encyklopedie subsetů CLL vznikla jako soucast bioinformaticke platformy „Antigen Receptor Research Tool / ARResT“ [bat.infspire.org/arrest/] vyvinute specialně pro analýzu, shlukovani a anotaci imunoglobulinových sekvenci. Datový soubor od 7500 CLL pacientů, na kterem je system Encyklopedie postaven, pochazi z mezinarodni studie Agathangelidis et al publikovane v roce 2012 (Blood). Analýzou tohoto souboru vznikl přehled hlavnich stereotypnich subsetů a jejich charakteristik. Dalsi souvisejici klinicke a cytogenomicke informace o jednotlivých subsetech byly ziskany strojovým zpracovanim dostupne literatury ze serveru PubMed a jsou pravidelně doplňovany a aktualizovany. Výsledky: Vytvořili jsme unikatni webovou aplikaci Encyklopedie subsetů CLL dostupnou na http://arrest.tools/subsets , ktera umožňuje interaktivni přistup k informacim o stereotypnich subsetech CLL. Uživatel může ziskat a porovnavat zakladni informace o hlavnich subsetech, vcetně jejich klinických a cytogenomických vlastnosti. Tyto informace byly rucně zkontrolovany a vybrany ze strojově zpracovaných výsledků z databaze PubMed za pomoci odborniků v oblasti výzkumu CLL. V ramci Encyklopedie maji uživatele take možnost přimo použit publikovaný nastroj ARResT/AssignSubsets a přiřadit vlastni sekvence BcR do hlavnich subsetů. Zavěr: Encyklopedie subsetů CLL je veřejně dostupný online nastroj, který usnadňuje přistup k nejnovějsim poznatkům z oblasti výzkumu stereotypnich subsetů u CLL a navic umožňuje analýzu vlastnich dat a interpretaci ziskaných výsledků. To ma velký potencial pro využiti Encyklopedie v běžne praxi.