Identificación de polimorfismos de nucleótido simple en alpaca (Vicugna pacos) usando un panel de células híbridas irradiadas alpaca/hámster

El objetivo del presente estudio fue identificar los polimorfismos de nucleotido simple (PNSs) usando un panel celular hibrido irradiado alpaca/hamster y una micromatriz de alta densidad del bovino. El analisis bioinformatico se realizo en la Universidad Nacional Agraria La Molina. La metodologia consistio en la genotipificacion del panel celular y cuatro muestras controles utilizando una micromatriz de alta densidad para bovinos (BovineHD BeadChip-Illumina). El panel celular estuvo compuesto por 92 clones celulares hibridos irradiados alpaca/hamster con una retencion igual o mayor al 40 % del genoma de alpaca. Los cuatro controles contuvieron ADN genomico de alpaca huacaya macho, alpaca huacaya hembra, la linea celular de hamster A23 y una mezcla de alpaca macho y hamster en una proporcion de 1:10. Los analisis de datos fueron ejecutados con los programas GenomeStudio, Excel y R. Los resultados de genotipar las 4 muestras controles registraron 294,165 PNSs con senal positiva en la micromatriz y la cantidad final de PNS de alpaca despues de filtrar y eliminar los PNS positivos comunes con hamster se identificaron un total de 50,686 PNS en el genoma de alpaca. En conclusion, se identificaron 6,5 % PNS del total de los PNS analizados en la micromatriz de alta densidad de bovinos.