Intraspecies comparative genomics of Rickettsia

Le genre Rickettsia est compose de bacteries Gram-negatives, intracellulaires obligatoires qui causent un eventail de maladies humaines a travers le monde. Des nouvelles techniques ont permis de progresser dans l'identification et la classification des Rickettsia, y compris l'introduction de methodes moleculaires comme la comparaison de sequences de genes (ARNr 16S, ompA, ompB, gltA, sca4 …) et la creation du statut de sous-espece. La genomique et les techniques de sequencage de nouvelle generation ont permis d’acceder a une nouvelle facon d’en apprendre davantage sur la pathogenese et l'evolution de Rickettsia. La premiere partie de cette these est une revue sur les avantages et les limites de la genomique en taxonomie des procaryotes, tandis que la seconde partie est constituee des analyses genomiques de cinq sous-especes de Rickettsia et une nouvelle espece de Rickettsia. En utilisant des methodes de sequencage a haut debit, nous avons obtenu les genomes de R. sibirica sibirica, R. sibirica mongolitimonae, R. conorii indica, R. conorii caspia, R. conorii israelensis et R. gravesii. Ce travail constitue la base d’autres etudes qui permettront de mieux comprendre les mecanismes physiopathologiques, l’evolution, et la taxonomie des rickettsies.