Le rôle des ARN non codants dans le contrôle de processus liés à la pathogenèse chez Clostridium difficile

Clostridium difficile est la cause la plus frequente de diarrhee nosocomiale dans le monde. Nos precedentes donnees suggerent fortement l'importance des mecanismes bases sur les ARN pour la modulation de l'expression de genes. Afin de comprendre la fonction de la proteine chaperonne d'ARN Hfq, nous avons construit et caracterise une souche depletee pour Hfq. Conformement aux phenotypes observes, l'analyse transcriptomique revele des effets pleiotropiques lors de la depletion de Hfq sur l'expression des genes, parmi lesquels des genes codant pour des proteines impliquees dans la sporulation, la reponse au stress, des proteines de parois et des regulateurs transcriptionnels. Un grand nombre de genes appartenant au regulon SigK, un facteur a specifique de la sporulation, sont surexprimes lors de la depletion de Hfq. RCd1 est un ARN regulateur liant Hfq avec une haute affinite in vitro et in vivo. Nos resultats suggerent que RCd1 controle l'expression de SigK par inhibition de l'excision de l'element skie', un prophage cryptique insere dans le gene sigK. Cet enteropathogene est expose a de multiples elements genetiques exogenes au sein du microbiote intestinal. Les systemes CRISPR-Cas base sur des ARN non codant, permettent aux bacteries de s'adapter aux elements genetiques etrangers. Nos donnees revelent l'expression et la maturation des ARN CRISPR fournis par les differents loci. Grâce a des experiences de conjugaison de plasmide et des experiences de transformation chez un hote heterologue, Escherichia coli, nous avons demontre une interference active des systemes CRISPR-Cas. Ainsi, cette these met en evidence la caracterisation et l'identification de mecanismes medie par ARN non-codant chez cet enteropathogene.