VIRION DNAs STRUCTURE OF TEMPERATE ERWINIOPHAGES 49 AND 59

Цель работы: сравнительное изучение структуры вирионных ДНК умеренных фагов 49 и 59 Erwinia «horticola». Методы. Исследования свойств ДНК бактериофагов осуществлялось с применением стандартной рестрикции, а также биоинформатического анализа. Результаты. Геномы изучаемых эрвиниофагов содержат по 84 открытых рамки считывания. Количество генов, кодирующих гипотетические полипептиды с неизвестными функциями, составляет 57 и 52 для фага 49 и 59 соответственно. Поиск в базе данных NCBI показал, что фаг 49 не имеет вирусных гомологов среди референсных геномов вирусов прокариот. Для бактериофага 59 таковым является фаг ENT47670 бактерии Cronobacter sakazakii. Между собой эрвиниофаги демонстрируют 47% гомологии первичной последовательности нуклеотидов. Большинство обнаруженных идентичных открытых рамок считывания относится к структурной области генома, а также к модулю лизиса клеток бактерии-хозяина. Установлено, что геномы обоих фагов циклически пермутированные и упаковываются в соответствии с headful-механизмом. Пермутация ДНК фага 59 является непрерывной, в то время как у фага 49 она носит дискретный характер. Вирионная ДНК фага 49 имеет аномальный SmaI-сайт, который, в отличие от остальных сайтов для эндонуклеазы SmaI, не подвергается полному гидролизу. Выводы. Умеренные бактериофаги 49 и 59 E. «horticola» неидентичные другим известным вирусам прокариот и принадлежат к уникальным фагам семейства Siphoviridae.