Analyse du polymorphisme des gènes de Candida albicans impliqués dans la résistance aux azolés et aux échinocandines et description de potentielles nouvelles mutations de résistance aux azolés chez des isolats cliniques

Les azoles et les echinocandines sont les principaux antifongiques utilises pour le traitement des candidoses invasives. La resistance des isolats cliniques de Candida albicans est une cause majeure d’echec therapeutique. C. albicans est une levure diploide qui presente un important polymorphisme genetique. Les mutations ponctuelles dans les genes impliques dans la resistance de C. albicans aux antifongiques, peuvent etre soit le simple reflet d’un polymorphisme naturel ou induire une resistance phenotypique. L’objectif de cette etude est de repertorier chez C. albicans les mutations (polymorphisme naturel ou mutations responsables de resistance) dans les genes impliques dans la resistance aux azoles et aux echinocandines. Nous avons utilise les donnees de sequencage a haut debit (genome complet) de souches sensibles ( n  = 151) et resistantes ( n  = 24) aux echinocandines et/ou aux azoles. Les sequences des genes impliques dans la resistance aux azoles ( ERG11 , TAC1 , MRR1  et UPC2 ) et aux echinocandines ( FKS1 ) ont ete analysees et comparees aux sequences de la souche de reference SC5314. Parmi les 151 souches sensibles, 126 substitutions non-synonymes ont ete identifiees dans les genes etudies, dont 38 dans le gene TAC1 , 20 dans ERG11 , 15 dans UPC2 , 33 dans MRR1  et 20 dans FKS1 . Parmi elles, 37 % (14/38), 50 % (10/20), 67 % (10/15) et 73 % (24/33) respectivement, n’avaient jamais ete decrites auparavant. Parmi les 24 isolats resistants, obtenus chronologiquement chez 7 patients, 21 presentaient un haut niveau de resistance au fluconazole (CMI > 256 fJg/mL) et 4/21 etaient associes a une resistance aux echinocandines. En plus des polymorphismes naturels mentionnes ci-dessus, 19 mutations non-synonymes ont ete identifiees dans les genes ERG11 ( n  = 9), TACJ ( n  = 7), UPC2 ( n  = 3) et FKSJ ( n  = 1). Huit mutations ont deja ete decrites dans la litterature comme associees a un phenotype de resistance aux azoles ou aux echinocandines et 11 sont de potentielles nouvelles mutations impliquees dans la resistance aux azoles. Une analyse par mutagenese dirigee est en cours afin de confirmer l’implication de ces mutations dans la resistance phenotypique de ces isolats.