Nouvelles méthodologies protéomiques d’aide à l’annotation des génomes et à la validation des séquences protéiques

Ces dernieres annees, l’analyse proteomique par spectrometrie de masse a considerablement progresse grâce a des developpements technologiques jusqu’a devenir la methode de choix pour l’etude des proteines. Les domaines d’application de la proteomique sont aujourd’hui tres vastes et parmi ceux-ci un nouveau domaine est en pleine emergence : la proteogenomique dans laquelle la proteomique sert directement d’outil d’aide a l’annotation genomique. L’objectif principal de ce travail de these etait de developper de nouvelles approches de proteogenomique basees sur les methodologies de la proteomique pour ameliorer la qualite des banques de sequences proteiques disponibles pour la communaute scientifique. Pour atteindre cet objectif, nous avons notamment developpe : 1-Une nouvelle strategie pour ameliorer la determination des peptides N-terminaux des proteines (strategie N-TOP) afin de faciliter l’identification des codons d’initiation des proteines qui represente sans doute un des plus grands defis de l’annotation genomique. 2-Des strategies optimisees de recherche de donnees MS/MS dans les banques de sequences (genomiques ou proteiques) pour faciliter la mise en evidence d’erreurs dans les banques proteiques generees par prediction in silico. Ces strategies ont pu etre appliquees avec succes dans le cadre de differentes etudes en permettant d’ameliorer la qualite des banques proteiques La strategie N-TOP a egalement ouvert d’autres perspectives dans deux grands champs tres important de la proteomique : la caracterisation des phosphorylations des proteines et la proteomique quantitative.