Validation of polarizable force field parameters for nucleic acids by inter-molecular interactions

为 nucleic 酸的结构、热力学的性质建模长是在力量域的开发的挑战。Polarizable 力量域是潜在的函数的新一代负责再分配并且导致了偶极子进帐号，并且被证明可靠当模特儿小分子，多肽和蛋白质，而是他们 nucleic 酸上的使用仍然相当被限制。在这篇文章，在 nucleic 酸和一个小分子或离子之间的相互作用被 AMOEBAbio09，一块现代 polarizable 力量地和 CHARMM36 力量地建模。结果分子间的相互作用精力与 ab initio 量力学方法计算的那些相比。尽管测试不是足够的证明 polarizable 力量地的可靠性，结果至少在为静态的配置的 energetics 建模验证它的能力，它是在力量地 parameterization 的一个基本部件。