Molecular epidemiology of rabies virus isolated of herbivores from Brazilian Amazon

Rabies virus samples (n = 17) A1 to A3 exhibit a similar composition and geographic distribution. Diverse composition of remaining groups of N and G gene is attributable to different sequences used in the alignments for each genomic region. Glycoprotein amino acid sequence showed molecular markers in sub-lineages A2, A3, A4 and A7. This information provides a better comprehension of molecular epidemiology of rabies, starting with the knowledge of viral lineages circulating in the Brazilian Amazon. Amostras do virus da raiva (n = 17) isoladas de bovinos (n = 11), equinos (n = 4) e bubalinos (n = 2) procedentes do Para (n = 7), Tocantins (n = 6) e Rondonia (n = 4) foram submetidas a tecnica de RT-PCR para amplificacao parcial dos genes da Nucleoproteina (N) e Glicoproteina (G). As sequencias nucleotidicas obtidas foram analisadas pelo metodo de reconstrucao filogenetica Neighbor-Joining com o modelo evolutivo Kimura 2-parâmetros. Todas as 17 amostras pertenceram ao cluster A, que se encontrou na linhagem associado com morcego hematofago Desmodus rotundus. A analise filogenetica baseada nos genes N e G, sugere a presenca de cinco sublinhagens (A1-A5) e sete sublinhagens (A1-A7), respectivamente. Quando se compara ambas as filogenias, as sublinhagens A1 ate A3 mostram composicao e distribuicao geografica concordante, ja a diversidade observada na composicao das sublinhagens restantes e atribuida ao uso de sequencias de diferentes alinhamentos. A glicoproteina mostrou marcadores moleculares nas sublinhagens A2, A3, A4 e A7, o que fornece elementos para melhor compreensao da epidemiologia molecular da raiva das linhagens circulantes na Amazonia Brasileira.