Taxonomie et diagnostic des espèces de Xanthomonas associées à la gale bactérienne de la tomate et des Capsicum spp. : situation dans les Îles du Sud Ouest de l'océan Indien

La gale bacterienne des Solanees a graines est une maladie repandue dans la plupart des aires de production de tomate et des Capsicum spp. (piment, poivron) du monde. Elle est tres severe dans les regions tropicales et subtropicales et sa presence est recurrente dans la region Sud-Ouest de l’ocean Indien. Cette maladie est complexe car cinq taxons sont actuellement reconnus comme agents causaux, X. vesicatoria , X. perforans , X. gardneri , X. euvesicatoria et X. campestris pv. raphani . Neanmoins certaines etudes recentes suggerent des synonymies de certaines de ces especes entre elles et egalement avec d’autres Xanthomonas. Les objectifs principaux de la these etaient (1) l’analyse de la diversite sur une collection mondiale a l’aide des deux techniques moleculaires a haut debit, AFLP et MLSA, avec un accent particulier sur la diversite genetique et pathologique regionale (2) la description des relations phylogenetiques entre ces taxons et les autres Xanthomonas (3) la mise au point d’un outil d’identification rapide qui tienne compte de la diversite de l’agent pathogene et base sur des marqueurs SCAR identifies par AFLP. Une absence de congruence entre les topologies d’arbres derivees des sequences de 4 genes de menage etudies a ete mise en evidence, de meme que plusieurs evenements de recombinaison sur trois d’entre eux. Un inventaire des especes trouvees dans les iles SWIO a pu etre dresse, mettant a jour une grande diversite dans cette region. Nos donnees ont confirme de fortes similarites genetiques entre X. alfalfae , X. euvesicatoria et X. perforans d’une part et de X. cynarae et X. gardneri d’autre part, qui ont probablement le statut d’especes-synonyme.