DNA profiling of oaks (Quercus spp.)

CEL PRACY: Botanika sądowa potrzebuje narzedzi do weryfikacji wartości, jaką material pochodzenia roślinnego wnosi do postepowania dochodzeniowego. Biologia molekularna dostarcza technik umozliwiających porownywanie materialu pobranego z miejsca zdarzenia z innym biologicznym materialem dowodowym. W pracy zaproponowano zestaw siedmiu loci markerow wykorzystujących krotkie powtorzenia tandemowe (STR), sluzących do profilowania genetycznego debow (Quercus spp.). Przy ich doborze kierowano sie kryterium najwyzszej heterozygotyczności stwierdzonej w literaturze. Powodem, dla ktorego wybrano deby na przedmiot badan, jest ich rozpowszechnienie na polkuli polnocnej oraz potrzeba opracowania metody otrzymywania porownywalnych profili genetycznych materialu dochodzeniowego pochodzenia roślinnego. MATERIAL AND METHODS: In the study, we verified the specificity of primers towards selected species of oaks. Twenty-three species, including most of those previously studied, were investigated for the presence of selected loci. After DNA extraction, STR sequences were amplified using multiplex PCR, and amplification products were then analysed with capillary electrophoresis. The frequency of genotypes was tested with the χ2 test. RESULTS: Out of 23 investigated species of oak, full genetic profiles were obtained for 13 species. CONCLUSIONS: An incomplete genetic profile may result from DNA degradation or lower homology in primer binding sites. Full profiles were successfully obtained for most of the species tested; however, deficient profiles were yielded in species for which a full profile was expected. This may be due to the loss in DNA quality caused by ageing processes of plant material and inappropriate storage conditions or method of preservation.