Une approche réseau pour l’inférence du rôle des microARN dans la corégulation des processus biologiques

L'interference par l'ARN est un processus selon lequel un petit ARN non codant se lie a un ARN messager cible dans la cellule pour moduler son expression. Ce mecanisme a ete conserve au cours de l'evolution : il est retrouve aussi bien chez les animaux que chez les vegetaux. Nous savons aujourd'hui que le role de l'interference par l'ARN est fondamental, dans le developpement embryonnaire comme dans la progression tumorale. Les microARN (miARN) sont des ARN non codant endogenes dont l'une des particularites est leur capacite a reguler tout un ensemble de genes par interference avec les ARN messagers. Il est ainsi predit qu'un seul miARN serait capable de reguler plusieurs centaines de genes differents. La these a consiste en l'analyse de la coregulation mediee par les miARN grâce a l'inference de reseau basee sur le partage de genes cibles. La coregulation est un phenomene ou plusieurs miARN differents interviennent sur les memes familles de genes et donc sur les memes processus biologiques. Le travail a plus specifiquement consiste en la mise en place d'un reseau de miARN, en son analyse topologique mais egalement en son interpretation biologique. Le but final etait de proposer de nouvelles hypotheses biologiques a tester afin de mieux comprendre la coregulation des processus biologiques par les miARN. Au travers de ces travaux, deux groupes de miARN ont pu etre mis en evidence, dont l'un implique dans la regulation de la signalisation par les petites GTPases – hypothese par la suite validee par plusieurs experiences in vitro. Dans un second temps, une communaute de miARN impliquee dans le maintien de la pluripotence des cellules souches a pu egalement etre mise en evidence. Pour completer ces analyses, une etude systemique de la topologie des reseaux de miARN a ete menee afin de mieux comprendre leur integration dans les reseaux biologiques et leur role dans le devenir cellulaire.