Understanding the “Horizontal Dimension” of Molecular Evolution to Annotate, Classify, and Discover Proteins with Functional Domains

蛋白质进化由二个不同过程继续：1 ) 为适应变化的单个变化和选择并且 2 ) 在进新奇联合的蛋白质以内的全部领域的重新整理，生产以以前没存在的方法联合功能的性质的新蛋白质家庭。领域重新整理提出挑战定序基于排列的搜索方法，例如强风，在自从方法论含蓄地假设相关蛋白质首先由单个变化不同于对方，预言相同。而且，有宽大的证据，进化过程使用了(并且继续到使用) 领域因此，作为积木，它似乎合适利用计算、基于域的方法重建那个过程。为计算生物学的挑战和机会是怎么使用进化领域再结合的知识描绘其进化历史包括如此的再结合的蛋白质的家庭，以发现新奇蛋白质，并且推断蛋白质蛋白质相互作用。在这份报纸，我们考察利用我们水平蛋白质进化的成长知识的技术和数据库，并且建议未来开发的可能的区域。我们由瞄准便于一条特别途径到理解微生物引起的致病力的在进行中的病历说明基于域的方法的力量和未来开发的可能的方向。