Identification moléculaire des souches de mycobactéries

L’identification moleculaire des souches de mycobacteries disponibles dans notre laboratoire a ete realisee. L’amplification par PCR des genes de hsp, ARNr16S, espaceurs intergeniques ARNr16S-23S suivie de l’electrophorese sur gel d’agarose des fragments obtenus avec les oligonucleotides Tb11 et Tb12, 248 et 42, Int16S et Int23S, revele la constance dans la taille des fragments pour toutes les souches et par paire d’oligonucleotides. Ces resultats sont confirmes par la RFLP qui ne montre pas de differences significatives entre les differentes souches. Dans ce cas la discrimination des souches est difficile, on peut penser qu’il s’agit d’un seul genre. Par contre la taille des fragments obtenus avec les oligonucleotides H49 et H50, GyrAF et GyrAR permet de distinguer trois groupes de souches, les souches 6PY, C-8, C-18, et C-19 forment un premier groupe, les souches BHF004, C-20 et SPYR forment un deuxieme groupe, et enfin la souche PYR-1 forme un troisieme groupe. Le sequencage et l’alignement multiple avec Clustal des sequences en comparaison d’une part avec Mycobacterium gilvum pour le premier groupe et d’autre part avec Mycobacterium vanbaalenii et Mycobacterium austroafricanum pour le deuxieme groupe, confirment par le taux de similarite eleve (99- 100%) cette classification. Un arbre phylogenetique basee sur les sequences partielles du gene hsp65, permet de situer les nouvelles par rapport aux autres mycobacteries .Cela corrobore bien avec nos resultats, tout en confirmant la coherence de ces trois especes dans le genre monophyletique Mycobacterium. Mots-cles : mycobacteries, oligonucleotides, amplification par PCR, sequencage, alignement multiple.