Longos trechos de contíguos de homozigose frequentes em exames de CGH array, no estado de SC

Longos trechos continuos de homozigose (LCSH) sao segmentos cromossomicos neutros, resultantes de homozigose cromossomica ou segmentar (HMZ). Os LCSH podem ser detectadas por plataformas de hibridizacao genomica comparativa por arrays (CGH array) atraves de sondas especificas para polimorfismo de um unico nucleotideo (SNP). Dificilmente serao realizados exames de CGH array de base populacional no Brasil, para inferir polimorfismos comuns. Portanto, neste trabalho pesquisamos as LCSH em exames de CGH array de pacientes com disturbios do desenvolvimento (DD) para identificar algumas das variacoes comuns. Metodologia: Foram analisadas as citobandas que mais frequentemente apresentaram regioes com LCSH em 374 exames de CGH array (Affymetrix CytoScan® HD ou 750k) de pacientes com DD, cujos responsaveis assinaram o termo de consentimento. Os exames foram solicitados por medicos geneticistas e neurologistas dos Hospitais Infantil e Universitario e de clinicas particulares de Florianopolis, e realizados pelo laboratorio Neurogene no periodo de 2013 a 2016. Foram considerados LCSH apenas quando eram superiores a 3Mbp e nos cromossomos autossomicos e frequentes apenas as que apareceram em mais de 5% dos exames, ja que estamos lidando com uma populacao onde o indice de 1% nao seria aplicavel. Resultados: Dos 374 exames analisados, 4% nao apresentaram nenhum LCSH >3Mbp nos cromossomos autossomicos. A regiao mais envolvida com a homozigose foi a 16p11.2 (59%)[ (~31,451,698-35,220,544) tamanho medio de 3,5Mbp], essa regiao e conhecida por estar envolvida em rearranjos cromossomicos devido a presenca de flanqueamento de duplicacoes segmentares. Tambem foi encontrada homozigose frequente em 11p11.2 (18%), 3p21.31(14%), 15q15.1(10%), 1q21.1(10%), 1q21.2(7%), 2q11.1(6%), 10q22.1(6%) e 1p33(5%). Nao ha genes envolvidos com imprinting nessas regioes [http://www.geneimprint.com], sugerindo que as mesmas podem ser consideradas variacoes comuns. Outras 300 regioes genomicas com LCSH apresentaram menores frequencias e caracteristicas que podem ser exploradas para interpretacoes etiologicas, podendo evidenciar genes candidatos a mutacoes autossomicas recessivas; um grau de consanguinidade; dissomia uniparental; recombinacoes cromossomicas ou rearranjos. Conclusao: Relatamos uma serie de LCSHs que estao presentes em frequencia acima de 5% em individuos com o neurodesenvolvimento afetado, sugerindo que provavelmente sejam variacoes normais na populacao de SC. Esta informacao e importante para a interpretacao de achados nos exames de CGH array.