Geç Başlangıçlı Alzheimer Hastalığı Ve Hepatosellüler Karsinom İle İlişkili Ortak Moleküler Yolakların Ve Anahtar Biyobelirteçlerin Biyoinformatik Analizlerle Araştırılması

Son zamanlardaki calismalarda Alzheimer hastaligi (AH) ve kanser arasinda bir baglanti oldugu ortaya konmus fakat ortak mekanizmayi aciklayacak yeterince kanit mevcut degildir. Bu baglantiyi arastiran bircok calismada ozellikle meme, prostat ve akciger gibi kanser turleri ile AH arasinda ters iliski oldugu gosterilmekle beraber hepatoselluler karsinom (HCC) ve AH arasindaki iliski henuz aydinlatilmamistir. Bu calismada, gec baslangicli AH (LOAD) ve HCC ile iliskili RNA dizileme (RNA-seq) verilerini biyoinformatik araclarla analiz ederek iki hastaligin patogenezinde etkin olmasi muhtemel ortak molekuler yolaklari, ortak diferansiyel olarak ifade olan genleri (DEG) ve aday anahtar miRNA’lari tespit etmeyi amacladik. RNA-seq veri setleri NCBI-GEO omnibus veri tabanindan alinarak GREIN web uygulamasi ile analiz edildi. Ortak DEG’ler tespit edilerek, fonksiyon zenginlestirme analizleri NetworkAnalyst ile yapildi. Network gorsellestirme ve hub gen tespiti Cytoscape programi ile gerceklestirildi. Hub genleri hedef alan miRNA’lar mirDIP veri tabani ile belirlendi. Analiz sonucunda iki veri setinde ortak disregule olan 33 DEG tespit edildi ve network analizinde iki hastaligin molekuler etiyolojisinde olasi rolu olan ortak 5 hub gen (HLA-A, HLA-C, TRIM31, HLA-DQB2, HLA-DRB) belirlendi. Ortak DEG'lerin immun sistemle iliskili molekuler yolaklarda ve biyolojik sureclerde etkin oldugunu gozlemlendi. Ortak hub genlerin koregulasyonunda potansiyel duzenleyici rolleri olabilecek iki hastalikla da iliskili oldugu tahmin edilen bircok miRNA bulundu. Sonuclarimiz, her iki hastalik icin risk degerlendirmesi ve ilac gelistirme yaklasimlari icin kullanilabilecek ortak molekuler mekanizmayi in silico kanitlarla vurgulamaktadir.