BaCON: A Google Chrome extension for sequence analysis

BaCON: Ett verktyg for bioinformatikern Bioinformatik ar en tvarvetenskaplig disciplin, dar datorberakningar anvands for att analysera biologiska data. Inom omradet anvands manga olika datorprogram, flera som en anvandare kan installera pa sin egen dator. Manga av dessa program gar ocksa att hitta online, med fordelar som att man slipper installera manga program pa sin egen dator och de anvander en egen server som ofta gar snabbare an att kora dem sjalv. Nagra av de storsta webb-platserna med online-verktyg ar NCBI (National Center of Biotechnology Information) och EBI (European Bioinformatics Institute). Dessutom finns ett antal websidor som har onlineversioner av verktygspaketet EMBOSS (European Molecular Biology Open Software Suite), vilket innehaller manga populara och anvandbara verktyg. For att anvanda dessa verktyg sa maste man ha de data man vill analysera i ratt format, surfa till verktyget, fylla i data i ett webb-formular och eventuellt andra verktygsinstallningar. Det ar flera sma steg som var och en inte tar sa lang tid, men om man gor manga analyser, sa kan det i slutandan bli mycket tid. BaCON BaCON ar ett tillagg till den populara weblasaren Google Chrome och ar tankt att snabba upp och forenkla anvandandet av online-verktyg som anvands inom bioinformatiken. Just nu ar BaCON begransat till ett fyrtiotal verktyg som kan anvandas med enstaka DNA- och protein-sekvenser. Nar en anvandare ser en intressant sekvens i sin weblasare, till exempel fran en websida, en artikel eller fran en egen fil, sa kan denna sekvens markeras. Det BaCON da gor, ar att infoga sig sjalv i den kontextmeny som visas nar en anvandare hogerklickar pa markeringen. I denna kontextmeny kan anvandaren valja vilket verktyg som ska koras genom att helt enkelt klicka pa det valet. BaCON skoter da om all kommunikation med det valda verktyget, inklusive att formatera den markerade sekvensen pa ratt satt, och presenterar resultatet av analysen for anvandaren. For anvandare som behover forandra installningar for ett visst verktyg sa finns i BaCON mojlighet for det. BaCON kommer sedan ihag de installningarna till nasta gang den analysen anvands. BaCON kan till och med anvanda samma installningar aven om anvandaren sitter vid en annan dator sa lange man ar inloggad med sitt Google-konto. Forhoppningen ar att verktyget BaCON kan underlatta for bade forskare och studenter genom att ge ett enklare och mer effektivt satt att anvanda onlineverktyg vid sekvensanalys. Handledare: Bjorn Canback Examensarbete for masterexamen 30 hp i Bioinformatik 2015 Biologiska institutionen, Lunds universitet (Less)