Identification and phylogeny of the tomato receptor-like proteins family

Las proteinas tipo receptoras juegan multiples papeles en procesos de desarrollo y defensa. En este trabajo se identificaron 75 RLPs en tomate ( Solanum lycopersicum L.) mediante el empleo de busquedas BLAST iterativas y prediccion de dominios. Se construyo un arbol filogenetico que incluyo todas las RLPs identificadas en tomate y otras proteinas de este tipo caracterizadas funcionalmente en otras especies. Primero se comprobo si la filogenia basada en la region C3-F constituia un buen indicador de la relacion funcional entre proteinas relacionadas de diferentes especies. Se comprobo que, de hecho, las proteinas CLAVATA2 y su ortologo en maiz FEA2 (FASCIATED EAR2) y la probable CLAVATA2 de tomate descrita en Uniprot se agruparon en una misma rama, lo que valida el enfoque. Con este procedimiento se identifico Solyc12g042760.1.1 como el probable homologo en tomate del gen TMM. Se demostro que las proteinas en el mismo cluster en el arbol comparten relaciones funcionales, pues se formaron varios cluster de proteinas relacionadas funcionalmente como por ejemplo el cluster Ve, el cluster Cf, y la clada Eix