Les Norovirus humains et animaux - Intérêt pour la discrimination de l’origine de la contamination dans les eaux et les coquillages

Au sein du genre Norovirus (NoV), le developpement des outils de detection a permis de caracteriser des souches et genogroupes (G) infectant l’homme (GI et GII majoritairement), les porcs (sous-groupe GII.11) ou les bovins (GIII). La specificite d’hote de ces virus suscite un interet pour etudier leur occurrence tant sur le plan environnemental que sanitaire. Une etude a ete realisee dans deux secteurs conchylicoles bretons soumis a une pression d’elevage importante (l’Aber Benoit et l’estuaire de Daoulas). Les particules virales ont ete concentrees a partir de divers echantillons de l’environnement et les acides nucleiques extraits selon des protocoles identiques. Le controle des differentes etapes permet une approche quantitative apres detection par RT-PCR en temps reel. Dans les eaux de rivieres, les NoV GI ont ete detectes dans 7% des echantillons, les NoV GII dans 24%, et les NoV GIII dans 14%. Ces virus sont trouves a des concentrations allant de 120 a 120 000 copies d’ARN/L d’eau. Dans les coquillages, les NoV GI et GII etaient presents respectivement dans 4% et 21% des echantillons, et les NoV GIII dans 2% (les concentrations variant de 5 a 310 copies d’ARN/g). La presence et la distribution des differentes souches dans les eaux et les coquillages sont en relation avec les rejets et les activites sur le bassin versant. Ainsi, la presence de NoV bovin est observee en aval de sousbassins ou cet elevage est dominant. Par ailleurs, l’absence de detection de NoV porcin dans les echantillons s’expliquerait par le faible portage de ce virus dans les elevages locaux, et une plus grande maitrise des rejets des elevages hors-sol. Si l’on tient compte des aspects epidemiques, ces virus peuvent etre de bons candidats pour la recherche de l’origine des sources, compte tenu de la specificite des souches, de la performance des techniques (limite de detection optimisee) et de la persistance importante de ces virus dans l’environnement et en particulier dans les coquillages.