Diversité et adaptation aux fongicides des populations de Botrytis cinerea, agent de la pourriture grise

2013 
La selection naturelle constitue un processus cle de l’adaptation des populations a leur environnement, favorisant les variants presentant les meilleures valeurs selectives. Les champignons presentent generalement des traits biologiques (diversite des modes de reproduction, grandes tailles de populations, fortes capacites de dispersion, entre autres) qui favorisent leur adaptation a des environnements varies. La comprehension des mecanismes qui sous-tendent l’evolution de leurs populations sous les contraintes, naturelles et anthropiques, qu’elles subissent constituent donc un enjeu majeur pour la protection des plantes, en particulier dans le contexte actuel de durabilite des methodes de lutte. Dans cette these, nous avons decrit la structure et la diversite des populations Botrytis cinerea a l’aide de marqueurs neutres et selectionnes et d’un echantillonnage emboite, et avons propose des mecanismes pouvant expliquer les resultats observes. Puis nous avons analyse la reponse adaptative des populations de B. cinerea en Champagne, aux applications de fongicides. Premierement, nous avons montre que la pourriture grise etait causee par un complexe de deux especes cryptiques, vivant en sympatrie sur des hotes communs. De plus, les populations francaises de B. cinerea sont structurees en cinq demes, caracterises par le systeme de culture (selection directionnelle), la plante-hote (adaptation ecologique), et dans une moindre mesure, par la geographie. Sur vigne, nous avons mis en evidence une entite dont l’isolement genetique semble lie a un isolement temporel. Par ailleurs, nous avons montre que l’application de fongicides conduit a la selection de phenotypes resistants specifiquement a quasiment tous les modes d’action homologues, selon des proportions variant suivant les vignobles et les usages. Plus particulierement, la resistance aux fongicides inhibiteurs de la succinate deshydrogenase (SDHI) est causee par au moins sept mutations affectant les genes encodant la proteine cible de ces fongicides, determinant ainsi une grande variete de phenotypes. Enfin, nous avons montre que les fongicides ne modifiaient pas la structure neutre des populations mais qu’ils pouvaient conduire a une perte de richesse allelique dans les populations traitees ainsi qu’a un equilibre selection-migration detectable dans certaines situations sous forme de clines au loci sous pression de selection contemporaine tels que ceux determinant la resistance multidrogues. La modelisation de l’evolution des frequences de resistance hivernale a permis d’estimer le cout de la resistance pour quatre loci determinant la resistance aux fongicides. Cette these a permis d’apprehender le fonctionnement des populations de B. cinerea et de comprendre et quantifier partiellement les mecanismes selectifs operant in natura. Ces informations seront utilisees pour raisonner des strategies anti-resistance adaptees localement et durables.
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