Microbiote intestinal : qu’en attendre au plan physiologique et thérapeutique ?

Resume A partir de la naissance, chaque etre humain etablit une symbiose avec son microbiote qui joue un role clef dans le maintien de sa sante et de son bien-etre. Cette co-existence symbiotique individuelle est le resultat d’une succession d’enrichissements de la diversite des microorganismes commensaux par des apports exterieurs. Cette diversite se trouve neanmoins menacee depuis peu par des changements drastiques dans nos habitudes de vie comme la prise en charge des naissances, l’environnement exterieur, l’alimentation et les pratiques medicales. Les deux dernieres generations ont ete le cadre de modifications importantes des modes de vies et d’alimentation, avec une augmentation de la sedentarite, une suralimentation et une exposition importante aux medicaments et aux polluants. Nous sommes maintenant en mesure d’evaluer l’impact de ces changements sur la diversite du microbiote intestinal. Parallelement a ces modifications du mode de vie, on a pu observer une explosion de l’incidence de maladies liees a un dysfonctionnement du systeme immunitaire comme les maladies metaboliques, les allergies et les maladies inflammatoires et plus etonnamment des maladies neurodegeneratives et des desordres psychiatriques. Le microbiote est devenu un sujet d’actualite dans la communaute scientifique ainsi que dans les medias grand public. Le nombre de publications scientifiques a augmente d’un facteur trois sur les cinq dernieres annees, les domaines des maladies gastro-intestinales et liees aux dysfonctionnements metaboliques etant les plus etudies. D’un point de vue de la propriete intellectuelle, les familles de brevets traitant du microbiote ont plus que double sur la meme periode. En parallele, les financements provenant soit des organisations etatiques (par exemple du National Institute of Health [NIH] qui finance les recherches essentiellement dans le domaine des allergies, des anti-infectieux, du cancer et des maladies cardio-vasculaires, ou de la Maison Blanche qui a lance l’initiative nationale sur le microbiome) soit des entreprises pharmaceutiques ont suivi la meme tendance et refletent une poussee des investissements et un soutien important de ce domaine de la recherche sur le microbiote. Tous les acteurs majeurs de la sante investissent actuellement dans la recherche sur le microbiome ce qui se traduit par le grand nombre de contrats et de financements signes en 2015. La table ronde des Ateliers de Giens s’est interessee a envisager comment la medecine de demain, en considerant l’homme comme un supra-organisme symbiotique homme–microbes, pourra beneficier du savoir acquis sur les fonctions du microbiote et sur le microbiome en tant qu’outil therapeutique. La reflexion de notre groupe de travail a ete structuree autour de quatre domaines d’innovation qui pourraient beneficier des efforts realises actuellement afin de dechiffrer les interactions entre cellules humaines et le microbiome intestinal, en tant qu’element central de la sante humaine, c’est-a-dire : 1) le developpement d’outils de stratification et de monitorage ; 2) l’identification de cibles originales et de nouvelles drogues a partir du microbiome en tant que partie de notre supra-genome ; 3) l’exploitation du microbiote en tant que cible therapeutique qui peut etre modulable ; et enfin, 4) comme source de biotherapeutiques vivants ou d’adjuvants. Ces quatre chapitres vont permettre de montrer comment le microbiote a modifie notre facon de considerer un grand nombre de maladies chroniques et incurables comme les consequences d’une dysbiose etablie et durable. L’analyse en profondeur du microbiote est le point de depart d’un des plus vastes chantiers de recherches qui permettra l’amelioration de la sante humaine et animale et qui deviendra la source d’innovations medicales pour couvrir les gaps therapeutiques d’aujourd’hui. Nous proposons donc une serie de recommandations que nous adressons aux chercheurs academiques, aux cliniciens ainsi qu’aux autorites de sante, afin que les analyses du microbiote gagnent en fiabilite et solidite. Ceci permettra d’accelerer le processus de decouvertes et ainsi que leurs applications afin que tous puissent en beneficier.