La levure Geotrichum candidum : taxonomie, biodiversité et génome

Geotrichum candidum est une levure hemiascomycete ubiquitaire longtemps consideree comme un champignon filamenteux. C’est l’une des levures les plus frequemment trouvees dans les fromages dans les quelles elle contribue a l’affinage. Dans le cadre du projet ANR ALIA Food Microbiomes en partenariat avec des industriels fromagers et producteur de levain, nous avons caracterise l’espece G. candidum par une etude phylogenetique et place de maniere non ambigue G. candidum parmi les levures hemiascometes. Une analyse MLST a permis de separer les souches etudiees en deux groupes. Le premier contient essentiellement des souches environnementales tandis que le second ne contient que des souches isole du fromage. Cela suggere une certaine selection ou specialisation d’un groupe de souche dans la fabrication du fromage. Une methode de typage inter LTR plus discriminante a permis de typer l’ensemble des souches et peut fournir aux industriels un outil robuste pour le suivi d’une souche en production. Le genome de G. candidum CLIB 918 = ATCC 204307 a ete sequence. Les premieres analyses ont mis en evidence des discontinuites evolutives parmi les genes qui le composent. Parmi les 6802 genes identifies, 315 genes presentent des orthologues chez les champignons filamenteux et non chez les levures. Cela suggere que durant l’evolution, G. candidum a conserve un grand nombre de genes qui a ete perdu chez les autres levures ou en a recu certain par transfert horizontal de genes. L’existence de ce meme type de genes chez d’autres levures ayant une position basale dans l’arbre des hemiascomycetes, suggere que G. candidum et ces levures ont une position intermediaire lors de la transition evolutive champignon vers levure. Il est a noter que certains d’entre eux sont impliques dans le metabolisme et pourraient jouer un role dans l’adaptation de cette levure a la fabrication du fromage.