Comparaison des performances de six coffrets de PCR pour la détection d'agents impliqués dans les pneumopathies atypiques communautaires.

Objet de l’etude : L’objectif de cette etude etait de comparer les performances diagnostiques de 6 coffrets de PCR commercialises pour la detection des principales bacteries impliquees dans les pneumopathies atypiques communautaires : Mycoplasma pneumoniae (Mp), Chlamydophila pneumoniae (Cp) et Legionella pneumophila (Lp). Methodes : Les coffrets Seeplex PneumoBacter ACE et Anyplex II RB5 (Seegene), FTD Atypical CAP (Fast-Track), Chla/Myco pneumo r-gene (bioMerieux), Mpn./Cpn./Lpn. Q-PCR Alert (Elitech) et Dia-MCpn/Dia-Lpn (Diagenode) ont ete compares. Resultats : Les performances de ces coffrets ont ete evaluees sur36 echantillons de controle qualite calibres (20 QCMD Cp/Mp et 16 QCMD Lp). Pour Cp et Mp, la sensibilite variait de 41% pour PneumoBacter a 100% pour FTD Atypical CAP, les autres trousses presentant des pourcentages intermediaires. La specificite pour ces 2 cibles etait de 100%. Pour Lp, la sensibilite des tests ciblant le gene mip, specifique de l’espece L. pneumophila, variait de 82% (PneumoBacter) a 100% (RB5, Q-PCR Alert et Dia-Lpn). La specificite pour ces 4 tests etait de 100%. Avec la trousse FTD Atypical CAP detectant le gene rrn specifique du genre Legionella, 28% de resultats faux-positifs ont ete observes. Les 6 coffrets ont ensuite ete testes sur un panel de 53 prelevements cliniques recus au laboratoire sur une periode de 3 mois pour la recherche de ces 3 pathogenes. Cp et Mp n’ont pas ete detectes alors qu’une amplification a ete obtenue pour Lp dans un prelevement avec l’ensemble des tests. La presence de Legionella spp. a ete detectee dans 60% et 17% des prelevements avec les tests FTD Atypical CAP et Dia-Lpn, respectivement. Conclusion : Aucun des coffrets testes ne presente les performances necessaires pour la detection simultanee de Cp, Mp et Lp. Le coffret FTD Atypical CAP presente les meilleures performances pour la detection de Cp et Mp alors que pour la recherche de Lp, les meilleurs resultats ont ete obtenus avec la trousse Q-PCR Alert. Par ailleurs, ce travail a mis en evidence des problemes d’interpretation lies a la presence de legionelles non pathogenes environnementales contaminant les prelevements et facilement detectables par les techniques de qPCR basees sur l’ADNr 16S.