Optimización en muestras de esputo de un protocolo de análisis proteómico para la identificación de biomarcadores protéicos

OBJETIVO Optimizar un flujo de trabajo basado en proteomica cuantitativa para el estudio del proteoma de muestras de esputo para determinar si el analisis en cromatografia liquidaespectrometria de masas (LC-MS) con un fraccionamiento en fase gaseosa puede incrementar la cobertura proteica respecto al flujo de trabajo tradicional sin fraccionamiento. METODOLOGIA Se sometio la muestra de esputo al siguiente flujo de trabajo: (i) recoleccion de esputo; (ii) purificacion de componente proteica; (iii) digestion con tripsina del componente proteico; (iv) analisis por LC-MS de los peptidos resultantes, con dos variantes: (a) procedimiento proteomico habitual sin fraccionamiento, y (b) fraccionamiento de los peptidos en el espectrometro de masas (fraccionamiento en fase gaseosa). El analisis funcional de las proteinas identificadas se realizo mediante analisis de rutas (analisis pathway) y de Gene Ontology. RESULTADOS En la muestra de esputo de 2 mL, utilizando el procedimiento de fraccionamiento en fase gaseosa se identificaron 9.096 peptidos y 684 proteinas, incrementando en un 41 % y un 44 % el numero de peptidos y proteinas identificadas, respectivamente, respecto a la metodologia habitual sin fraccionamiento. La digestion proteica mostro una eficacia del 92 %, asegurando la reproducibilidad de la metodologia y la adecuacion de su uso para estudios de proteomica cuantitativa, asi como los utilizados para el descubrimiento de biomarcadores. CONCLUSIONES La metodologia optimizada identifica un numero elevado de peptidos y proteinas, y permitira su utilizacion para estudios proteomicos cuantitativos de abundancia o expresion diferencial en muestras de esputo para el descubrimiento de nuevos biomarcadores.