Inférence fonctionnelle et prédiction de voies métaboliques. Application à la bactérie fixatrice d'azote Sinorhizobium meliloti.

Des genomes entiers de bacteries sont sequences en nombre croissant. Parallelement sont mis en place des programmes d'analyse systematique de l'expression des genes et des proteines dans differentes conditions. La comprehension du fonctionnement d'un organisme necessite une annotation des fonctions des genes et l'integration de ces donnees dans des schemas fonctionnels. Les voies metaboliques constituent une classe de fonctions permettant d'aborder ce probleme d'integration, elles sont bien repertoriees chez de nombreux organismes et sont accessibles a l'experimentation. Dans un premier temps, nous avons developpe une methode automatique de prediction de fonction specifique des enzymes. Cette methode nommee PRIAM (PRofils pour l'Identification Automatique du Metabolisme) repose sur la nomenclature des enzymes et sur la construction automatique d'un jeu de profils specifiques des fonctions enzymatiques. Puis, cette methode permet d'identifier les enzymes dans un genome complet et de visualiser les resultats obtenus sur les graphes des voies metaboliques de la base de donnees KEGG. Dans un second temps, cette methode a ete appliquee sur le genome de la bacterie fixatrice d'azote Sinorhizobium meliloti et nous a permis l'analyse des voies metaboliques specifiques de cet organisme symbiote.