Molekulární dynamika jako prostředek pro studium biologických systémů

Molekularně dynamicke simulace jsou teoretickou metodou, ktera sleduje pohyb atomů v systemu. Obvykle se tak děje na urovni atomů. Souhrnne vlastnosti systemu lze uspokojivě sledovat, pokud několik atomů seskupime do jedne castice (coarse-grainova molekularni dynamika). V předkladane praci se použiva molekularni modelovani a (coarse-grainova) molekularni dynamika k popisu různých, biologicky významných systemů. Charakterizaci fotosynteticke membrany ze sinice Synechocystic PCC6803 předchazela parametrizace coarse-grainoveho siloveho pole. Literatura uvadi dvě rozdilna složeni teto membrany, proto byly charakterizovany obě a byly hledany potencialni rozdilne charakteristiky. Dale byl do fotosynteticke membrany vnořen protein PsbI z fotosystemu II, který byl popsan jednak jako izolovaný system a dale jako system obsahujici vic těchto proteinů. Poslednim zkoumaným systemem je lektinum typu C podobna domena receptoru NKR-P1 přirodnich zabijackých buněk. Hlavni pozornost byla věnovana popisu struktury teto domeny.