Analyse évolutive, prédiction structurale et inhibition des interactions protéine-protéine

Les interactions proteine-proteine sont fondamentales dans la plupart des processus cellulaires. Cette these est centree sur l’analyse et la prediction de ces interactions en utilisant a la fois les donnees structurales et l’information issue de l’evolution. A travers l’etude de plus de 1000 couples d’interfaces homologues, extraits d’une base de donnees developpee dans notre equipe, nous avons mis en evidence une plasticite etonnante dans l’evolution de la structure des interfaces. Nous avons cependant identifie des proprietes assez conservees qui fournissent des pistes pour l’extraction d’information a partir des alignements de sequences multiples de deux partenaires en interaction. Nous avons ensuite developpe une fonction de score « gros grain » utilisant un potentiel statistique multi-corps couple a l’information evolutive. Cette fonction ameliore les predictions d’interfaces proteiques et a ete utilisee dans deux cas concrets d’amarrage moleculaire. Enfin, nous avons developpe un protocole bio-informatique robuste pour le design d’inhibiteurs peptidiques d’une interaction proteine-proteine.