Analyse transcriptomique des fibroblastes dermiques associés aux lymphomes T cutanés : démonstration de leur rôle support

Introduction Le microenvironnement tissulaire joue un role cle dans l’oncogenese et favorise la croissance, l’invasion, les metastases et la resistance a la chimio-prevention des cellules tumorales. Notre objectif est de determiner quelle est la contribution du microenvironnement cutane mesenchymateux dans les lesions tumorales des lymphomes T cutanes (LTC) en caracterisant plus particulierement le profil d’expression genique des fibroblastes dermiques obtenus a partir de lesions cutanees. Materiel et methodes Un sequencage d’ARN (RNA-seq) a ete effectue sur des cultures primaires de fibroblastes cultives a partir de biopsies cutanees de 8 mycosis fongoides (MF), 6 syndrome de Sezary (SS) et 15 fibroblastes normaux (FN) provenant de plasties mammaires (âge apparie). Le RNA-seq a ete realise en utilisant les reactifs Illumina TruSeq V3. La quantification du niveau d’expression et l’identification des genes exprimes differentiellement (differential gene expression : DEG) dans les LTC par rapport aux temoins a ete realisee par DESeq2 (valeur de p ajustee padj  Resultats 1044 DEG ont ete identifies entre les fibroblastes associes aux LTC et les FN, avec 542 genes sous-exprimes et 502 surexprimes (1345 genes dans les fibroblastes MF vs FN), 457 genes pour les SS et seulement 45 genes entre SS vs MF. L’analyse GSEA de tous les fibroblastes associes aux CTCL a identifie l’enrichissement de 3 voies principales de signalisation : “IFNa reponse”, “IFNγ reponse”,“cibles MYC”. L’analyse du facteur de transcription IPA® a mis en evidence 25 reseaux moleculaires et plusieurs ensembles de genes associes, dont « Inhibition des Metalloproteases » ou « Signalisation d’extravasation des leucocytes ». Les principaux genes d’interet ont ete valides en qRT-PCR. Discussion Les presentes donnees demontrent l’alteration de l’expression des genes dans les fibroblastes dermiques associes aux LTC, suggerant l’implication des cellules mesenchymateuses sur l’evolution des LTC.