Identification de gènes de Theobroma cacao exprimés de façon différentielle pendant une infection par Phytophthora

La pourriture brune des cabosses, provoquee par plusieurs especes de Phytophthora, est presente dans toutes les zones de production cacaoyere et constitue l'une des principales causes de perte de recolte de T. cacao. Les traitements chimiques contre cette maladie sont possibles mais ils sont contraignants, couteux, polluants et ne s'integrent pas dans un processus durable de gestion des plantations de cacao. La resistance du cacaoyer a Phytophthora est quantitative et polygenique. L'objectif de ce travail est de faire progresser notre connaissance des mecanismes moleculaires intervenant dans la resistance partielle du cacaoyer, de facon a developper des outils efficaces de selection pour augmenter le degre de resistance des cacaoyers. Ces travaux visent a developper des approches genomiques fonctionnelles pour identifier les genes candidats impliques dans cette resistance. Des ressources de sequences exprimees ont ete accumulees au cours des dernieres annees sur les interactions T. cacao/P. palmivora. Parmi celles-ci, des sequences correspondant aux genes impliquees dans les reponses de stress biotique ont ete selectionnees et utilisees pour demarrer des etudes de genomique fonctionnelle. Une puce a ADN en lien avec les interactions cacaoyer/Phytophthora a ete construite a partir d'une collection unigene de 3200 sequences de la plante, 50 sequences de Phytophthora sp. (base de donnees NCIS) et 20 sequences generiques pour la normalisation des puces. Des genes exprimes de facon differentielle ont ete observes dans le genotype resistant Scavina6 avant et apres des inoculations de P. palmivora par des tests artificiels effectues sur les feuilles. Des echantillons des feuilles infectees ont ete collectes 0, 1, 4, 8, 24, 48, 72 et 96 heures apres l'inoculation. Des copies des genes exprimees a chacun de ces moments ont ete etiquetes et des hybridations de puce ADN ont ete effectuees sur la plateforme Biopuces de Toulouse (http://biopuces.genotoul.fr/). Apres les analyses des images, les donnees ont ete analysees par le logiciel BioPlot/Biodust accessible sur la plateforme. Pres de 250 genes surexprimes entre 3 et 20 fois dans les feuilles inoculees ont ete identifies. Parmi eux, 80 ont ete specifiquement induits 8 heures apres l'inoculation tandis que 50 ont ete induits 48 h apres. Les autres genes etaient repartis a differents horaires apres l'inoculation. L'expression des genes fortement induits ou associes avec les regions des QTL de resistance (communes a plusieurs genotypes et identifiees sur les chromosomes 1, 4 et 9) ont ete confirmees par une Rt-PCR quantitative. (Texte integral)