PHARMACOPHORE MODELING STUDIES ON KNOWN MMP-9 ENZYME INHIBITORS TO IDENTIFY THE IMPORTANT COMMON FEATURES

Amac: Bu calismada, yapi-aktivite iliskilerini aciklamak amaciyla bilinen MMP-9 inhibitorleri uzerinden farmakofor modeller olusturuldu. Gerec ve Yontem: Bilinen MMP-9 inhibitorlerinin ortak farmakoforik ozellikleri belirlenerek, yapi-aktivite iliskilerini aciklamak uzere farmakofor modeller olusturuldu. Bu calisma icin Discovery Studio 3.5 programi kullanildi. Bilinen MMP-9 inhibitorleri (NFH, Batimastat, Marimastat, Prinomastat, CGS-27023A ve Ro32-3555), ortak farmakofor ozelliklerin belirlenmesinde kullanildi. Iki hidrojen bagi alicisi, bir hidrojen bagi donoru ve bir hidrofobik ozellik iceren hipotez secildi. Sonuc ve Tartisma: CGS-27023A ve Ro32-3555 disindaki test edilen tum inhibitorler, secilen farmakofor modele mukemmel bir sekilde uydu. Bu iki inhibitor A2 ozelligine uymadi. Buna gore, etki icin verilen konumlardaki A1, D1 ve H1 ozelliklerinin gerekli olabilecegi sonucuna varildi. Ayrica, onemli etkilesimleri tanimlamak icin farmakofor model, NFH ve MMP-9 enzim kompleksi ile karsilastirildi. Tum farmakoforik ozelliklerin verilen pozisyonlarda, protein ile bir etkilesim gozlendi. Bu durum farmakofor hipotezimizi de desteklemektedir. Sonuc olarak, bu farmakofor model, MMP-9 enziminin yeni kucuk molekul inhibitorlerini tasarlamak icin yararli olabilir.