Guide pratique à destination des biologistes, bioinformaticiens et statisticiens qui souhaitent s’initier aux analyses métabarcoding

Les methodes d’analyse metabarcoding (egalement appelees metagenomique ciblee ou amplicon) sont de plus en plus utilisees pour etudier la diversite des especes presentes dans un ecosysteme (micro organismes, plantes, animaux). Le principe consiste a extraire l’ADN d’un echantillon environnemental puis a amplifier par PCR un fragment cible a l’aide d’un couple d’amorces predefini. Ces produits PCR, apres ajouts de barcodes (oligonucleotides uniques pour chaque echantillon) et adaptateurs de sequencage, sont ensuite sequences. Apres le sequencage, les sequences sont triees par echantillon grâce aux barcodes puis assignees a des taxons par comparaison avec des sequences de reference. Beaucoup de methodes et outils d’analyse ont ete developpes pour obtenir une vision la plus precise possible des ecosystemes etudies. Les techniques de preparation puis d’analyse des echantillons dependent de l’ecosysteme, des questions auxquelles on souhaite repondre et de la technologie de sequencage utilisee. Nous proposons des conseils issus de nos experiences, discussions et lectures bibliographiques afin de guider les lecteurs depuis la planification experimentale jusqu’a l’analyse des donnees, en detaillant les points de vigilance a chaque etape.