COMMUNICA TION EVALUATION OF THE PERFORMANCE OF DIFFERENT PLASTICS USED TO SEAL NYLON CDNA ARRAYS Avaliação da performance de diferentes plásticos usados para selar arranjos de cDNA em náilon

ABSTRACTcDNA arrays are a powerful tool for discovering gene expression patterns. Nylon arrays have the advantage that they can bere-used several times. A key issue in high throughput gene expression analysis is sensitivity. In the case of nylon arrays, signaldetection can be affected by the plastic bags used to keep membranes humid. In this study, we evaluated the effect of five types ofplastics on the radioactive transmittance, number of genes with a signal above the background, and data variability. A polyethyleneplastic bag 69 m thick had a strong shielding effect that blocked 68.7% of the radioactive signal. The shielding effect on transmittancedecreased the number of detected genes and increased the data variability. Other plastics which were thinner gave better results.Although plastics made from polyvinylidene chloride, polyvinyl chloride (both 13 m thick) and polyethylene (29 and 7 m thick)showed different levels of transmittance, they all gave similarly good performances. Polyvinylidene chloride and polyethylene 29mm thick were the plastics of choice because of their easy handling. For other types of plastics, it is advisable to run a simple checkon their performance in order to obtain the maximum information from nylon cDNA arrays.Index terms: Signal detection, nylon arrays, sensitivity.RESUMOOs arranjos de cDNA sao uma poderosa ferramenta para o estudo de padroes de expressao genica. Os arranjos em membranasde nailon apresentam ainda a vantagem de poderem ser reutilizados diversas vezes. Porem, um ponto bastante delicado em estudosde expressao genica em larga escala e a sensibilidade. No caso de arranjos em membranas de nailon, a deteccao dos sinais pode serafetada pelo envoltorio plastico utilizado para manter as membranas umidas. Nesse estudo, nos avaliamos os efeitos de cinco tiposde plasticos na transmissao radioativa detectada, no numero de genes com sinal acima da emissao de fundo e na variabilidade dosdados. O plastico produzido com polietileno com 69 m de espessura apresentou uma forte interferencia na emissao radioativa,bloqueando 68.7% do sinal detectado. Este bloqueio na transmitância diminuiu o numero de genes detectados e aumentou a variabilidadedos dados. Outros plasticos mais finos tiveram resultados melhores. Apesar de plasticos feitos de cloreto de polivinilideno e cloretode polivinila (ambos com 13 m de espessura) e polietileno (29 e 7 m de espessura) terem diferentes niveis de transmitância, todosapresentaram performances semelhantes nos testes realizados. Cloreto de polivinilideno e polietileno com 29 m de espessura foramos plasticos escolhidos devido a facilidade de manuseio. Para outros tipos de plasticos, e recomendavel realizar um teste de suasperformances antes de utiliza-los para envolver membranas de nailon, de forma a obter o maximo de informacao dos experimentos comarranjos de cDNA.Termos para indexacao: Deteccao de sinal, arranjos de nailon, sensibilidade.