Příprava univerzální sondy pro detekci profágů v kmenech Staphylococcus aureus

Větsina kmenů patogenniho bakterialniho druhu Staphylococcus aureus je lyzogennich a obsahuje ve svem genomu jednoho nebo vice profagů. Přitomnost profagů vede ke změnam fenotypových znaků hostitelských kmenů (k tzv. lyzogennim konverzim), ktere se casto týkaji jejich patogenity a virulence, anebo navozuji necitlivost k dalsim fagům. Cilem prace bylo identifikovat genomovou sekvenci spolecnou pro fagove druhy 3A, 53 a 77 reprezentujici serologicke skupiny A, B a F mirných bakteriofagů mezinarodni standardni řady druhu S. aureus a využit ji k připravě molekularni sondy pro detekci profagových sekvenci v genomech hostitelských kmenů. Vyhledani spolecne sekvence bylo provedeno reciprokou hybridizaci znacených celkových genomových DNA fagů 3A a 77 k restrikcnim spektrům (HindIII/XbaI) DNA fagů 3A, 53 a 77. Hybridizujici restrikcni fragmenty byly klonovany a použity jako sondy k ověřeni přitomnosti identických sekvenci v genomech vsech fagů mezinarodni řady. Z testovaných restrikcnich fragmentů byl vybran fragment HindIII/XbaI-F z faga 3A, který hybridizoval k větsině fagových DNA (100% zastupců serologicke skupiny A, 100% serologicke skupiny F a 36% serologicke skupiny B fagů mezinarodni standardni řady). Byla stanovena jeho sekvence a srovnana s dosud znamými sekvencemi stafylokokových bakteriofagů a profagů identifikovaných v genomech S. aureus. Tato sekvence odpovida casti genu pro integrazu a nekodujici oblasti mezi timto genem a genem pro excizionazu. Připravena sonda je vhodna pro identifikaci vsech profagů seroskupin A a F a větsiny profagů seroskupiny B v kmenech S. aureus . Výsledky prace ukazaly, že genomy bakteriofagů S. aureus jednotlivých seroskupin obsahuji jen velmi omezený pocet vzajemně homolognich sekvenci DNA, mezi něž patři zejmena geny, ktere se týkaji integrace bakteriofagových genomů do genomu hostitelských kmenů.