艾纳香 AP2/EREBP 转录因子家族生物信息学分析

AP2 / EREBP 是植物特有的一类具有庞大家族的转录因子。该转录因子广泛参与调节植物生理功能和水杨酸、茉莉酸、脱落酸和乙烯等信号转导途径。本研究利用艾纳香的全长转录组数据，通过生物信息学的手段对艾纳香 AP2 / EREBP 家族进行挖掘并分析，为从分子水平研究艾纳香代谢调控提供参考依据。利用 DNAMAN 、 MEGA5.05 软件以及 Protparam 、 SOPMA 在线网站，对艾纳香 AP2 / EREBP 转录因子家族的类型、结构域、系统进化、蛋白理化性质和氨基酸序列高级结构等进行分析。结果表明从艾纳香转录组中挖掘到 57 个 AP2 / EREBP 基因，通过查找开放阅读框筛选出 18 条能翻译成完整蛋白的序列；根据结构域的划分可分为 DREB 、 ERF 和 AP2 三个亚族；通过与拟南芥 AP2 / EREBP 相关基因进行系统进化分析，结果表明艾纳香 DREB 和 ERF 亚族成员分别属于 B2 、 B4 、 B5 、 B6 和 A6 簇；生物信息学表明艾纳香 AP2 / EREBP 转录因子家族蛋白富含酸性氨基酸，热稳定性较高且均为亲水性蛋白，全部蛋白都以无规则卷曲为主；每个亚家族的蛋白质三级结构差异不明显，但不同亚族之间有差异，主要表现在 茁 - 转角、 茁 - 折叠及无规则卷曲长度不同。本研究结果为进一步研究艾纳香 AP2 / EREBP 基因功能提供参考。