Genes de Lignificação em Eucalyptus: estrutura e diversidade genética dos genes 4cl e ccoaomt.

O presente trabalho teve como objetivo o estudo da diversidade nucleotidica em dois genes chave na via de biossintese de lignina. Os genes 4cl e ccoaomt foram estudados em amostras de populacoes naturais de tres especies comerciais de eucalipto, E. grandis, E. globulus e E. urophylla. A mineracao de um banco de dados de ESTs gerado no projeto Genolyptus revelou a presenca de diferentes isoformas destes genes e uma riqueza de sequencias suficientes para deteccao de SNPs. Para o gene 4cl, as tentativas de ressequenciamento sugeriram a existencia de varias copias do gene no genoma do eucalipto indicando a necessidade de clonagem previa de amplicons para futuros estudos de diversidade de sequencia. A analise de um trecho de 440 pb do gene ccoaomt revelou uma frequencia de 1 SNP a cada 55 pb, 63 pb e 220 pb respectivamente para E. grandis, E. urophylla e E. globulus. E. grandis (= 0,00356) apresentou o dobro de diversidade nucleotidica do que E. globulus (= 0,00168) e cerca de 1,4 vezes mais que E. urophylla (= 0,00254). Observa-se ainda que E. grandis, a especie com a maior distribuicao geografica e portanto maior oportunidade de fluxo genico, apresentou, de fato, valores mais altos de diversidade nucleotidica e haplotipica. SNPs fixados ou quase fixados bem como indel privativos foram observados em E. urophylla, a especie disjunta que ocorre nas ilhas ao norte da Australia. Foram detectados polimorfismos nao sinonimos, potenciais alvos interessantes para estudos de variabilidade na atividade da enzima. A analise da extensao do desequilibrio de ligacao, embora limitada a apenas um gene e com base em poucos sitios polimorficos, sugere que dentro de um gene e a distâncias menores do que ~250 pb, SNPs tendem a se encontrar em forte desequilibrio de ligacao. O sequenciamento e montagem de um clone BAC resultaram na obtencao da sequencia completa da regiao codante do gene 4cl com 5.203 pb. A obtencao desta sequencia com o inicio de transcricao, inedita para Eucalyptus, abre possibilidades interessantes de estudos detalhados da diversidade nucleotidica e padroes de DL ao longo deste gene em populacoes de clones fenotipados, no sentido de buscar associacoes entre haplotipos especificos e variacao quantitativa em propriedades quimicas da madeira.