Impact de la recherche d'amorces mutées sur les résultats d'analyses métagénomiques

En metagenomique ciblee, une problematique recurrente concerne la quantite de lectures reellement exploitables en sortie d'un sequenceur a haut debit. L'une des etapes influencant cette quantite est la detection dans chaque sequence des amorces utilisees pour amplifier le gene cible. Usuellement les sequences n’ayant pas les amorces parfaites sont rejetees. Notre etude interroge l’impact d’accepter egalement les sequences avec amorces mutees. Il s’agit de repondre aux questions suivantes : Accepter les sequences avec amorces mutees permet-il d'augmenter le nombre de sequences exploitables par echantillon ? Cette augmentation impacte-t-elle les resultats obtenus au terme de l'analyse metagenomique , c’est-a-dire permet-elle d’augmenter le nombre d’OTU (Operationnal taxonomic unit), et donc potentiellement d’especes, detectes ? L’etude a ete menee sur 9 echantillons, dans le cadre d’une etude de la biodiversite des sols tropicaux chez les eucaryotes unicellulaires. Les echantillons ont ete sequences a la fois en Roche/454 et en Illumina MiSeq, afin de pouvoir constater l'impact de la technologie sur les resultats. Le sequencage a cible la region V4 de la sous-unite 18S de l'ARN ribosomique. En resultat, on observe que la recherche des amorces V4F et V4R mutees permet d'ameliorer de facon non-negligeable la sensibilite de l’analyse metagenomique. Cela augmente le rappel parmi les sequences d'un echantillon et cela permet egalement la detection de nouveaux OTU (+7 a +10 %, dans notre etude, en fonction de la technologie de sequencage), que ce soit en augmentant l'abondance de sequences detectees en nombre insuffisant pour etre validees ou que ce soit en detectant des sequences totalement nouvelles qui n'etaient pas visibles auparavant. Une etude supplementaire a par ailleurs montre que ces nouveaux OTU, et notamment les totalement nouveaux, etaient aussi credibles que les OTU avec amorces exactes.