Le microbiote du porcelet au sevrage : influence de l’environnement d’élevage, et corrélations avec la robustesse

Cette etude decrit la variabilite entre elevages de l’evolution du microbiote au moment du sevrage, et evalue la relation entre cette derniere et la robustesse des porcelets. Des echantillons fecaux et des enregistrements de croissance ont ete collectes juste avant et sept jours apres le sevrage pour 288 porcelets issus de 16 elevages commerciaux, caracterises pour leur statut sanitaire et leur usage d’antibiotiques. Nous avons observe dans toutes les fermes la presence de quatre enterotypes bacteriens (E1 a E4), differant notamment par leur abondance de Prevotella, Faecalibacterium, Roseburia, et Lachnospira, et correspondant a des stades de maturation graduelle pre- vers post-sevrage de la flore. Apres le sevrage, des 1 177 unites taxonomiques (OTU) contenues dans le jeu de donnees, 462 et 340 voyaient leur abondance respectivement influencee par l’utilisation d’antibiotiques et par le statut sanitaire de l’elevage. Les animaux ont ensuite ete classes selon leur gain de poids relatif (GMQr) calcule entre 26 et 48 jours d’âge. Les porcelets a haut GMQr avaient moins d’Oscillospira (P < 0,05) et Campylobacter (P < 0,01), et plus de Prevotella (P < 0,01), Coprococcus (P < 0,01) et Lachnospira (P < 0,05) apres le sevrage, ce qui s’apparentait a l’enterotype E4. Ainsi, en utilisant des animaux provenant de 16 fermes, nous avons pu identifier quatre enterotypes maturationnels ubiquitaires, et suppose que les porcelets ayant atteint l’enterotype E4 juste apres le sevrage pourraient etre plus robustes. Hormis l’usage d’antibiotiques, le statut sanitaire global de l’elevage a une influence importante sur l’evolution precoce du microbiote apres le sevrage.