Las herramientas del modelado molecular

Como resultado de la secuenciacion de genomas completos, la rapidez con que aparecen nuevas secuencias de aminoacidos es mucho mayor que el aumento en el numero de estructuras proteicas que se obtienen por cristalografia de rayos X o resonancia magnetica nuclear. Puesto que las tecnicas de aislamiento y secuenciacion del DNA son mucho mas sencillas y rapidas que las dos que se utilizan para obtener la estructura de las biomoleculas, se espera que esta diferencia aumente en un futuro. Sin embargo, con el modelado molecular se puede acortar la distancia que existe entre el numero de secuencias y estructuras. Entre los programas que se requieren para la construccion de modelos tridimensionales de proteinas se encuentran los que realizan busquedas en bases de datos (BLAST, FASTA), los que llevan a cabo alineamientos pareados (SIM) o multiples (ClustalX), los que predicen segmentos transmembranales (PHDhtm) o estructura secundaria (PHDsec) y los que construyen la estructura terciaria de una proteina a partir de su secuencia (Modeller y Swiss-Model). La energia de la estructura del modelo se puede minimizar utilizando varios ciclos de dinamica molecular y minimizacion de energia utilizando programas como NAMD y Gromacs. Un paso importante en este proceso es el de la validacion del modelo con programas como Procheck, What_check, Prosa II y errat, entre otros