Extraction d’ADN de Pneumocystis jirovecii à l’aide de la trousse MycoGENIE® Aspergillus fumigatus DNA extraction (Ademtech)

Au CHRU de TOURS, notre strategie diagnostique de recherche de Pneumocystis jirovecii ( P.j ) repose sur une methode de fluorescence directe (uvitex 2B) rapide (2 h) tres performante. La mise en place du diagnostic moleculaire est discutee au cas par cas. La recherche d’une methode d’extraction simplifiee, rapide et fiable nous a conduits a evaluer la trousse MycoGENIE ® Aspergillus fumigatus DNA extraction (Ademtech) appliquee aux Liquides de lavages broncho-alveolaires (LBA) recueillis pour un diagnostic de pneumocystose. Materiel et methode Retrospectivement, les ADN de 39 LBA (19 positifs et 20 negatifs) conserves a −20 °C ont ete extraits a partir de 200 μL, par deux methodes menees en parallele : billes magnetiques (MycoGENIE ® , Ademtech), et colonnes (QIAmp ® DNA Mini Kits, Qiagen) selon les recommandations des fournisseurs. L’amplification a ete realisee sur un Light Cycler 480 II (Roche) et sur une meme plaque pour les couples d’extraits. Resultats L’extraction par billes magnetiques etait plus courte (90 min vs 150 min), comprenait moins d’etapes (5 vs 7) et, moins de materiel : (absence de centrifugation et une seule etape de bain-marie vs trois, pas de lyse enzymatique prealable). Au final, les resultats d’amplification etaient comparables. Tous les echantillons positifs etaient detectes pour les deux methodes d’extraction : 16 d’emblee et 3 apres dilution etant primitivement inhibes. Seize echantillons etaient confirmes negatifs, 4 negatifs par fluorescence etaient detectes par PCR dont 3 avec un Cq eleve a 40. Les echantillons traites par billes magnetiques montraient une detection moyenne plus precoce de 3,43 cycles (0 a 7) avec une mediane a 3. Conclusion La trousse d’extraction d’ADN fongique MycoGENIE ® A. fumigatus DNA extraction (Ademtech) est qualitativement aussi efficace que la methode sur colonnes pour l’extraction d’ADN de P.j dans les LBA. Le resultat quantitatif est meilleur. Cette trousse presente une grande facilite de mise en œuvre : etapes reduites, materiel restreint, et temps plus court, ce qui permet une utilisation facilitee dans le cadre d’un diagnostic d’urgence et pour des series manuelles reduites.