Richesse et diversité des assemblages de champignons et d'oomycètes de hêtraies, en relation avec des facteurs climatiques et édaphiques : de la parcelle au continent

Les sols forestiers sont des habitats heterogenes, veritables reservoirs de microorganismes. Parmi ces microorganismes, les eucaryotes filamenteux (champignons et oomycetes) sont tres divers et jouent un role important dans le fonctionnement et la durabilite des ecosystemes forestiers. Leur diversite et leur repartition spatiale a differentes echelles sont encore peu connues et les facteurs qui sous-tendent cette dispersion sont encore peu etudies. Aussi, les objectifs etaient (i) d'exploiter le sequencage haut-debit pour des etudes d'ecologie microbienne a large echelle et valider son application aux communautes d'oomycetes pathogenes en milieu forestier, (ii) de decrire ces communautes microbiennes, en termes de diversite et de structure, a differentes echelles spatiales (locale, regionale et continentale), (iii) de caracteriser les variables biotiques et abiotiques structurant ces communautes et (iv) d'evaluer la reponse eventuelle des communautes aux variations climatiques. Une premiere etude pilote a l'echelle de la parcelle a ete suivi de deux etudes a grande echelle spatiale le long de gradients environnementaux. Des gradients d'altitude et un gradient latitudinal, a l'echelle continentale, ont ete utilises comme gradient climatique. L'etude preliminaire a donc valide l'utilisation du pyrosequencage pour les communautes fongiques, et en particulier pour les especes ectomycorhiziennes, et apporte des elements pour etablir une methodologie d'echantillonnage couplee a cette technique. L'application de ces outils moleculaires a l'etude des communautes oomycetes pathogenes reste a optimiser. Les resultats obtenus sur les communautes fongiques telluriques suggerent que dans l'hypothese d'un rechauffement climatique, la richesse fongique ne serait pas directement affectee mais la composition des communautes le serait. La composition des communautes fongiques est egalement fortement liee au pH du sol. Ces resultats sont a affiner en etudiant plus en detail divers groupes taxonomiques et ecologiques en lien avec des variables climatiques plus precises. Par ailleurs, de nombreuses perspectives sont envisageables pour ameliorer la detection des oomycetes dans les sols forestiers, qui reste un challenge en ecologie microbienne