Genes highly overexpressed in salt-stressed young oil palm (Elaeis guineensis) plants.

Abstract: RNA-seq is a technique based on the large-scale sequencing of transcript-derived cDNAs using next-generation sequencing platforms mostly used today to characterize an organism?s transcriptome. The analysis of RNA-seq data allows for identifying genes differentially expressed in a given condition, such as salt stress. This study aimed to search and characterize genes from the African oil palm (Elaeis guineensis Jacq.) highly up-regulated during salt stress, with a long-term goal of gene promoter prospection and validation. The apical leaves from the control (electrical conductivity of ~2 dS m-1) and salt-stressed (~40 dS m-1) young oil palm plants, collected at 5 and 12 days after the beginning of the stress, were subjected to extraction of total RNA, with three plants (replicates) per treatment. The complete genome of E. guineensis, available at the National Center for Biotechnology Information, was used as the reference genome - BioProject PRJNA192219. The differential expression analysis led to the selection for further characterization of seven genes, which had increased expressions of 37?84 times under salt stress. The strategy used in this study enabled the selection of seven salt-responsive genes highly up-regulated during salt stress, and some of them coded for proteins already reported as responsible for salinity tolerance in other plant species through over-expression or knockout. Resumo: O RNA-seq e uma tecnica baseada no sequenciamento em larga escala de cDNAs derivados de transcritos - por meio de plataformas de sequenciamento de nova geracao ? amplamente utilizada atualmente para caracterizar o transcriptoma de um organismo. A analise dos dados de RNA-seq permite identificar genes diferencialmente expressos em uma determinada condicao, como o estresse salino. Este estudo teve como objetivo prospectar genes do dende (Elaeis guineensis) responsivos ao estresse salino e realizar sua caracterizacao funcional e estrutural. A folha apical de plantas jovens de dende controle (condutividade eletrica de ~2 dS m-1) e estressadas (~40 dS m-1), coletadas aos 5 e 12 dias apos o inicio do estresse, foi submetida a extracao de RNA total, com tres plantas (repeticoes) por tratamento. O genoma completo de E. guineensis, disponivel no ?National Center for Biotechnology Information?, foi utilizado como genoma de referencia - BioProject PRJNA192219. A analise da expressao diferencial levou a selecao de sete genes, cujo nivel de expressao aumentou entre 37 e 84 vezes sob estresse salino, para posterior caracterizacao. A estrategia utilizada neste estudo permitiu a selecao de sete genes responsivos ao sal suprarregulados durante o estresse, e alguns deles codificam proteinas ja relatadas como responsaveis pela tolerância a salinidade em outras especies de plantas por superexpressao ou knock-out.