The Detection of SSRs From The Terrier Dog Normal and Tumoral Mammary Gland Tissue EST Libraries

Kopekler, insanlarla ortak bir cevreyi paylasir ve belirli kopek irklarinin hastaliklari hakkinda bilgi, insan kanser calismalari icin bir model gelistirmede cok yararlidir. EST'ler, bir organizmanin transkribe edilen genomunun bir parcasini temsil eder ve mikrosatellitleri tanimlamak icin onemli bir kaynaktir. Tekrarlayan DNA dizilerini iceren Basit Dizi Tekrarlari (SSR'ler) veya mikrosatellitler, bilinen en guclu genetik belirtecler arasindadir. EST-SSR'lerin gelisimi, genomik calismalar icin hizli, verimli ve dusuk maliyetli bir secenek haline gelmistir. Bu calismada, 2304 EST iceren Terrier kopegin meme bezi dokusunun EST koleksiyonundan SSR'lerin belirlenmesi icin; Web tabanli surumleri olan ve kolayca erisilebilen SSRIT ve IMEx yazilimlari kullanilmistir. SSRIT, 2 ila 10 baz uzunlugundaki motifleri bulur ve tekli nukleotid motiflerini ortadan kaldirarak minimum tekrar sayisini ayarlar. IMEx mukemmel ve kusurlu mikrosatellitleri ayri ayri bulur. Farkli uzunluklarda 1 ile 6 arasindaki motifleri bulabilir ve minimum tekrar sayisi ayarlanabilir. Ek olarak, istenen SSR bolgesi icin uygun primer tasarlanabilir. Normal doku EST'leri icin 2, 3, 4, 5 ve 6 nukleotidli motifler bulunurken, tumorlu doku EST'leri icin 5 nukleotidli motif bulunamamistir.