基于菜心(Brassica campestris)基因组 Survey 测序开发多态性 SSR 标记

为解决菜心 SSR 标记数量不足、已开发的位点多态性差等问题，本研究利用高通量测序技术，对‘四九 - 19 ’和‘ 3T6 ’两份菜心材料进行基因组 Survey 测序，规模化开发多态性 SSR 标记。两个菜心材料分别获得 55 649 657 个 和 59 300 433 个 Clean reads ，分开拼接组装得到 430 483 个和 499 876 个 Contig 。在两个材料的  Contig 中搜索到共有的 SSR 位点为 30 696 个，其中以二和三核苷酸重复基序最为丰富，占总 SSR 位点的 67% 。分析比较发现， 3 652 个 (12%) SSR 位点在两份测序材料间具有潜在多态性，随机挑选 50 个 SSR 位点进行 PCR 扩增验证， 48 对 (96%) 引物在 4 份菜心材料中扩增出清晰的条带，其中 31 对 (62%) 引物在两份测序样品间具有多态性， 19 对 (38%) 引物在另两份菜心材料间具有多态性。结果表明，利用基因组 Survey 测序能开发 SSR 标记和开发具有多态性的 SSR 标记，本研究开发的多态 SSR 标记将进一步为菜心分子标记的发展和应用提供基础。